gnuplot 2次元カラーマップ

gnuplotでカラーマップを作成するときのコマンド一例。

gnuplot> set pm3d
gnuplot> set pm3d map
gnuplot> set ticslevel 0
gnuplot> set cbrange[1:200]
gnuplot> set palette rgbformulae 22,13,-31
gnuplot> set logscale cb 2
gnuplot> splot "filename" with pm3d

http://bio-info.biz/tips/gnuplot_cb.html
http://www.natural-science.or.jp/article/20091028205740.php
を参照。

SRIM on Mac

SRIMをMacに移植。（Winebottlerを使います。）

かなり周りくどいやり方かもしれません。

まず、Winebottlerをダウンロード。（割りと重くて20~30分ほどかかった。）

この間に、SRIM-2008.exeをダウンロード（SRIM-2013は試していないです。）

SRIM-2008.exとしてダウンロードされるので、SRIM-2008.exeと名称変更する。

Winebottlerがダウンロード出来たら、Wine.app，Winebottler.appともにアプリケーションにコピー。

Wine を起動

メニューバーアイコンに表示されるので、クリックし File Maneger を選択。

すると、Wine Filesが作成される。（これを先に作成しないと、後でインストールした時にSRIM が Finder から見えないところに隠されてしまった。）

Winebottlerを開く。

Create Custom Prefixes から、先程落としたSRIM-2008.exeを選択し、Installボタンを押す。
次のような表示がされるので、適当な場所に展開Extractさせる。

展開させたファイルの中に、SETUP.EXE　があるはずなので、こちらをクリック。

ここで、先ほど作成したWine Files （ ~/Wine Files/drive_c/ 以下）にインストール。
今回は~/Wine Files/drive_c/Program Files/SRIM/にインストール。
実行形式は SR.exe。

Wine Files 以下に入るので、いちいち探しにいくのは面倒。
という事で、シンボリックリンク SRIM.app を作成。

suod ln -sf ~/Wine\ Files/drive_c/Program\ Files/SRIM/SR.exe /Application/SRIM.app

cernlib

cernlibのインストール

このサイトから

• cernlib-2005-intelmac-bin.tar
• cernlib-2005-intelmac-lib.tar
• cernlib-2005-intelmac-include.tar

をダウンロード。
適当な場所に展開。（/ 以下にダウンロード）

cd /
sudo mkdir cern
cd cern
sudo ln -sf /Users/rivertemple/cernlib/2005/ pro

.bashrcの作成

Mac のターミナルで ls 実行時に色をつけるように設定。

オプションで -G とつければ良いみたいです。
ただ、いちいち打つのは面倒なので、.bashrc を以下の内容で作成しました。

alias ls='ls -Fh -G'

alias ll='ls -la -G'

また、-Fh (ファイル種類の区別とサイズを区別) オプションも付けました。

編集し終えたら

source .bashrc 

とすると、編集内容が反映されます。

.bashrc を読みこませるように、.bash_profileに以下の文を追加。


if [ -f ~/.bashrc ]; then
    . ~/.bashrc
fi

こちらの記事を参考にしました。ありがとうございます。

ついでに、プレビューとかもターミナルで開けるように以下の文も追加しました。

alias prev='open -a preview' 

Topdrawer インストール

Topdrawer を MacOSX10.8にインストール。

topdrawer では UGS (Unified Graphics System) ver.2.10e をライブラリ
として使用しているので、UGSをインストールしていない場合は先にインストールする。
UGSのインストールに関しては、以前の記事を参照。

ftp://ftp.riken.jp/iris/topdrawer/topdrawer.tar.gz
からtopdrawer.tar.gz をダウンロード、展開。

ディレクトリ topdrawer に移動し、Imakefile.def を編集。

• #define DarwinArchitecture を選択。
• ugsのパスを変更。
• FFLAGS、CFLAGS に -m32 を追加。

その後次のコマンドを実行。
xmkmf -a
make clean
make all

td 実行形式が作成されるので、/usr/lib/にシンボリックリンクを作成。

teleport

magic mouse を Mac miniとMacbook Air とで同時に使いたい。
と思ったら、「teleport」という便利なアプリがあったので導入してみます。

http://www.abyssoft.com/software/teleport/
にて teleport1.1.2a を双方のMacにダウンロード。
releport.prefPaneを選択すると、設定画面が開く。
どちらとも Active teleport の選択にチェックを入れる。

今回はMac mini を母体として magic mouse を通常使うので、Mac book air の方でShare this Mac の選択にテェックを入れます。

すると、母体のMac miniに承認ウィンドウが表示されるのでOKとし、設定完了。
これで、画面端にマウスを持って行くと、他方のMacに移動ができます。

操作感は少しもたつく感じがありますが、便利に使えそう。

また Optionsで Mac間の移動の詳細設定が出来るみたいです。

fort77のインストール

研究室のMac-miniには入っていましたが、自分のMacbook Air には入っていなかったので、インストールしてみる。

以下のところからtar.gzを落とす。
http://fossies.org/linux/misc/old/fort77-1.18.tar.gz/

MountainLionは64bitなので、-c では頑に64bitでのリンク付けをする。
今回は解析ツールPollyAnna(32bitで構成)との互換性のため少し修正を加える必要がある。
適当な場所に /fort77-1.18 を展開
リンク付けする際に-m32オプションをつける。
emacs fort77
$retcode = &mysystem($cc, @output, @lfiles, @lopts, "-m32", "-lf2c", "-lm" );

基本的にはこれで終了。
make testするとエラーがでるので test/test.pl も書き換える。
./fort77 → ./fort77 -m32